Mais um migrado para cá.
Mais uma da linha para lembrança futura.
Quando atualizei minha máquina para o ubuntu 16 o rocket.chat começou a enviar as mensagens de notificação no formato de alerts clássicos (o que atrapalha bastante).
Procurando por uma solução para este problema, achei o seguinte post: http://askubuntu.com/questions/766306/notifications-not-showing-up-properly-in-slack-and-other-electron-apps que basicamente indica que devemos executar o seguinte no console:
sudo touch /usr/lib/libunity-electron_notification_fix
Funcionou perfeitamente e as notificações passaram a ser aquelas “bunitinhas” no canto da tela.